Cư dân đại lục từ Phúc Kiến đã bắt đầu khai phá Mã Tổ từ thời nhà Nguyên, quần đảo là nơi các ngư dân đại lục tìm vào tránh gió khi họ đi ra vùng biển xa đánh cá. Những năm cuối thời nhà Minh và đầu thời nhà Thanh, quần đảo Mã Tổ trở thành căn cứ của uy khấu. Vào những năm đầu thời Thanh, cư dân ven biển Phúc Châu đã di cư đến Mã Tổ, trong đó Trần, Lâm, Tào, Vương, Lưu là các họ tộc lớn. Hầu hết cư dân Mã Tổ ngày nay có nguồn gốc từ Hầu Quan (侯官), nay là thành phố Trường Lạc của Phúc Châu.

Năm 1934, chính quyền tỉnh Phúc Kiến đã lần đầu tiên thiết lập "Can Tây liên bảo biện công xứ" tại Bắc Can, bắt đầu thực thi chế độ bảo giáp. Năm 1935, Can Tây liên bảo biện công xứ phân thành "Tây Dương liên bản biện công xứ" (quản lý Đông Dũng, Tây Dương) và "Can Đường liên bảo biện công xứ" (quản lý Nam Can, Bắc Can).

Đến năm 1949, Quốc quân Trung Hoa Dân Quốc đến trú tại các đảo của Mã Tổ. Ngày 15 tháng 12 năm 1950, Trung Hoa Dân Quốc thành lập "Mã Tổ hành chính công thự", trị sở đặt tại địa khu Ngưu Giác ở khu Nam Can, bên dưới phân thành các khu: Nam Can, Bắc Can, Bạch Khẳng, Đông Dũng, Tứ Sương, Đại Sơn, Tây Dương, Phù Ưng; mỗi khu thiết lập một khu công sở và được chia tiếp thành các thôn. Năm 1952, Trung Hoa Dân Quốc liên tiếp rút khỏi bốn khu Tứ Sương tức quần đảo Tứ Sương (四礵列島), Đại Sơn tức quần đảo Đài Sơn (台山列島), Tây Dương tức đảo Tây Dương (西洋島), Phù Ưng tức đảo Phù Ưng (浮鷹島). Bộ chỉ huy khu thủ bị Mã Tổ chuyển thuộc quyền quản lý của Bộ tư lệnh ti phòng vệ Kim Môn. Năm 1953, Trung Hoa Dân Quốc rút khỏi đảo Lãng (浪島). Tháng 8 cùng năm, Trung Hoa Dân Quốc thành lập chính quyền huyện Liên Giang tại Nam Can, đổi các khu Nam Can và Bắc Can thành các hương; tại khu Bạch Khẳng thì thành lập chính quyền huyện Trường Lạc, quản lý Bạch Khẳng và Đông Dũng. Sang tháng 9 thì khu Bạch Khẳng của huyện Trường Lạc phân thành trấn Bạch Khẳng và hương Đông Khẳng.

Tháng 3 năm 1954, Trung Hoa Dân Quốc cho thiết lập chính quyền huyện La Nguyên ở khu Đông Dũng, khu Đông Dũng đổi thành hương Đông Dũng. Năm 1955, Mã Tổ hành chính công thự đổi thành "Mân Đông Bắc hành chính công thự", giám sát ba huyện Liên Giang, Trường Lạc, La Nguyên. Đến ngày 1 tháng 7, lại đổi tên thể chế này thành "Phúc Kiến tỉnh đệ nhất khu hành chính đốc sát chuyên viên công thự". Tháng 7 năm 1956, khu vực Kim-Mã thực thi chính vụ chiến địa, chính quyền tỉnh Phúc Kiến (THDQ) tuân theo mệnh lệnh của Bộ Quốc phòng, triệt tiêu "Phúc Kiến tỉnh đệ nhất khu hành chính đốc sát chuyên viên công thự" cùng hai huyện Trường Lạc và La Nguyên, chính vụ của khu vực Mã Tổ giao cho Ủy ban chính vụ chiến địa khu thủ bị Mã Tổ (hiện đổi tên thành Bộ Tư lệnh Phòng vệ Mã Tổ) tiếp quản; trấn Bạch Khẳng và hương Đông Khẳng được đổi thành hương Tây Khuyển, hương Đông Khuyển; hương Đông Dũng được đổi thành hương Đông Dẫn.

Năm 1959, chính quyền huyện Liên Giang dời đến địa khu Thiết Bản (nay là thôn Nhân Ái), hương Nam Can. Năm 1965, Quốc quân Trung Hoa Dân Quốc sau khi tiến hành diễn tập ở cực bắc lãnh thổ kiểm soát, lại tiến vào đồn trú tại đảo Lãng, năm sau thì đổi tên thành đảo Lượng (亮島). Năm 1970, hai hương Đông Khuyển và Tây Khuyển hợp thành hương Bạch Khẳng. Năm 1971, hương Bạch Khẳng đổi tên thành hương Cử Quang, lấy từ ý "Vô vong tại Cử (毋忘在莒)" [1]. Năm 1978, chính quyền huyện Liên Giang dời đến địa điểm này nay, tức khu vực Sơn Lũng của hương Nam Can. Ngày 7 tháng 11 năm 1992, khu vực Mã Tổ giải trừ "chính vụ chiến địa", trở về với chế độ tự trị địa phương, bắt đầu việc nhân dân bầu chọn huyện trưởng và nghị viên huyện. Từ năm 2003, chính quyền huyện đã bắt đầu xem xét việc đổi tên huyện thành "huyện Mã Tổ" nhằm tránh nhầm lần với huyện Liên Giang của Trung Quốc đại lục, song một số cư dân địa phương phản đối việc này vì họ cho rằng nó phản án quan điểm Đài Loan độc lập của Đảng Dân Tiến.[2] Ngày 7 tháng 7 năm 2012, cư dân huyện Liên Giang đã chấp nhận cho mở sòng bài ở huyện trong một cuộc trưng cầu dân ý.[3][4]